Studi In Silico Senyawa dari Herba Sambiloto (Andrographis paniculata) terhadap Protein Dihydrofolate Reductase (4KM2) pada Mycobacterium tuberculosis

Ita Inayah, Ginayanti Hadisoebroto, Fauziyyah Nur Aini

Abstract


Tuberculosis merupakan satu dari 10 penyebab kematian  yang  merupakan  penyebab  utama  dari  agen infeksi  tunggal. Tuberculosis (TB) adalah penyakit infeksi menular yang disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberculosis. Dihydrofolate reductase (DHFR) adalah salah satu protein yang berperan penting dalam biosintesis nukleotida dan disetujui sebagai target obat antibakteri dan antikanker. Penelitian ini bertujuan untuk mencari senyawa dalam tanaman sambiloto yang paling berpotensi sebagai antituberkulosis. Penelitian ini dilakukan secara in silico, tahapan awal dari metode in silico adalah pengujian toksisitas dan pengujian ADME secara virtual melalui web server pro tox II dan web server pkCSM, proses molecular docking senyawa uji terhadap protein Dihydrofolate reductase menggunakan software autodock tools yang dilakukan melalui beberapa tahap yaitu preparasi senyawa uji dan reseptor, validasi metode docking dan visualisasi docking senyawa uji dengan reseptor menggunakan software discovery studio. Hasil molecular docking menunjukkan senyawa 7-O-methylwogonin, wogonin dan apigenin merupakan senyawa yang paling berpotensi sebagai obat antituberkulosis dengan nilai Binding affinity berturut-turut sebesar -6,59 kkal/mol, -6,49 kkal/mol, -5,80 kkal/mol dan nilai konstanta inhibsi berturut-turut sebesar 14,84 μm, 17,53 μm, 55,87 μm. Selain itu ketiga senyawa tersebut memiliki sisi ikatan dan jenis ikatan yang hampir sama dengan trimethoprim sehingga dapat diprediksikan menjadi kandidat obat antibakteri dan dapat menghambat reseptor Dihydrofolate reductase.


Full Text:

PDF

References


Abdullah, S. S., Putra, P. P., Antasionasti, I., Rundengan, G., Suoth, E. J., Abdullah, R. P. I., & Abdullah, F. (2021). Analisis Sifat Fisikokimia, Farmakokinetik Dan Toksikologi Pada Pericarpium Pala (Myristica fragransa) Secara Artificial Intelligence. Chemistry Progress, 14(2), 81. https://doi.org/10.35799/cp.14.2.2021.37112

Adriani. (2018). Prediksi Senyawa Bioaktif Dari Tanaman Sanrego (Lunasia amara Blanco) Sebagai Inhibitor Enzim Siklooksigenase-2 (Cox-2) Melalui Pendekatan Molecular Docking. Jurnal Ilmiah Pena , 1.

Aragaw, W. W., Lee, B. M., Yang, X., Zimmerman, M. D., Gengenbacher, M., Dartois, V., Chui, W.-K., Jackson, C. J., & Dick, T. (2021). Potency boost of a Mycobacterium tuberculosis Dihydrofolate reductase inhibitor by multienzyme F 420 H 2-dependent reduction. https://doi.org/10.1073/pnas.2025172118/-/DCSupplemental

Aswad, M., Christine, L., Nursamsiar, N., & Hardianti, B. (2020). Studi Penambatan Molekul Senyawa-Senyawa Bioaktif Dari Kulit Akar Murbei (Morus Sp.) Terhadap Reseptor TNF-α. Majalah Farmasi Dan Farmakologi, 23(3), 85–100. https://doi.org/10.20956/mff.v23i3.9399

Banerjee, P., Eckert, A. O., Schrey, A. K., & Preissner, R. (2018). ProTox-II: A webserver for the prediction of toxicity of chemicals. Nucleic Acids Research, 46(W1), W257–W263. https://doi.org/10.1093/nar/gky318

Cheng, F., Yu, Y., Shen, J., Yang, L., Li, W., Liu, G., Lee, P. W., & Tang, Y. (2011). Classification of cytochrome P450 inhibitors and noninhibitors using combined classifiers. Journal of Chemical Information and Modeling, 51(5), 996–1011. https://doi.org/10.1021/ci200028n

Esteves, F., Rueff, J., & Kranendonk, M. (2021). The central role of cytochrome p450 in xenobiotic metabolism—a brief review on a fascinating enzyme family. In Journal of Xenobiotics (Vol. 11, Issue 3, pp. 94–114). MDPI. https://doi.org/10.3390/jox11030007

Fauzan, Z. M., Ismail, H., Nasrullah Muhammad Farmasi, H., & Tinggi Farmasi Bandung, S. (2019). Studi Molecular Docking… (Vol. 2, Issue 1).

Follman, K. E., & Morris, M. E. (2018). Prediction of the Effects of Renal Impairment on Clearance for Organic Cation Drugs that Undergo Renal Secretion: A Simulation-Based Study. Drug Metabolism and Disposition, 46(5), 758–769. https://doi.org/10.1124/dmd.117.079558

Frimayanti, N., Lukman, A., Nathania, L., Program, S., Farmasi, F., Farmasi, S., Tingi, I., & Farmasi, R. (2021). Studi molecular docking senyawa 1,5-benzothiazepine sebagai inhibitor dengue DEN-2 NS2B/NS3 serine protease. Chempublish Journal, 6(1), 54–62. https://doi.org/10.22437/chp.v6i1.12980

Frimayanti, N., Mora, E., Anugrah, R., Tinggi, S., Riau, I. F., Kamboja, J., & Simpang Baru, P. (2018). Study of Molecular Docking of Chalcone Analogue Compounds as Inhibitors for Liver Cancer Cells HEPG2. Computer Engineering and Applications, 7(2). www.pdb.org

Hossain, S., Urbi, Z., Karuniawati, H., Mohiuddin, R. B., Qrimida, A. M., Allzrag, A. M. M., Ming, L. C., Pagano, E., & Capasso, R. (2021). Andrographis paniculata (Burm. f.) wall. ex nees: An updated review of phytochemistry, antimicrobial pharmacology, and clinical safety and efficacy. In Life (Vol. 11, Issue 4). MDPI AG. https://doi.org/10.3390/life11040348

Kemenkes RI. (2019). Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia.

Paramitha, M. D., & Rahamanisa, S. (2016). Ekstrak etanol herba sambiloto (Andrographis paniculata) sebagai antidiabetik terhadap mencit wistar terinduksi aloksan.

Pires, D. E. V., Blundell, T. L., & Ascher, D. B. (2015). pkCSM: Predicting small-molecule pharmacokinetic and toxicity properties using graph-based signatures. Journal of Medicinal Chemistry, 58(9), 4066–4072. https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5b00104

Pratama, F. (2016). Studi Docking Molekular Senyawa Turunan Kuinolin Terhadap Reseptor Estrogen-α Mohammad Rizki Fadhil Pratama. In Jurnal Surya Medika (Vol. 2, Issue 1). www.rscb.org.

Rachmania, R. A., Supandi, & Cristina, A. D. F. (2016). Analisis Penambatan Molekul Senyawa Flavonoid Buah Mahkota Dewa (Phaleria macrocarpa (Scheff.) Boerl.) Pada Reseptor a-Glukosidase Sebagai Antidiabetes. 13.

Riyaldi, M. R., Fatiya, N. U., F Dipadharma, R. H., Kusnadi, I. F., Hidayat, S., & Suhandi, C. (2022). Studi In-Silico Senyawa Pada Ekstrak Bawang Putih (Allium sativum L.) Sebagai Inhibitor Neuraminidase Pada Influenza. http://www.swissadme.ch/index.php

Sari, I. W., Junaidin, J., & Pratiwi, D. (2020). Studi Molecular Docking Senyawa Flavonoid Herba Kumis Kucing (Orthosiphon stamineus B.) Pada Reseptor Α-Glukosidase Sebagai Antidiabetes Tipe 2. Jurnal Farmagazine, 7(2), 54. https://doi.org/10.47653/farm.v7i2.194

Sukmawaty, E., Susanti, S., & Masriany, M. (2021). Penambatan Molekuler Senyawa Cendawan Endofit Trichoderma sp. Sebagai Inhibitor Protein Low Density Lipoprotein, Enzim Lanasterol 14 Demetilase dan Lipase yang Bertanggung Jawab dalam Dermatitis Seboroik. Jurnal Ilmiah Ibnu Sina (JIIS): Ilmu Farmasi Dan Kesehatan, 6(1), 98–107. https://doi.org/10.36387/jiis.v6i1.636

Syahputra, Ambarsari, L., & Sumaryada, T. (2014). Simulasi Docking Kurkumin Enol, Bisdemetoksikurkumin dan Analognya sebagai Inhibitor Enzim12-Lipoksigenase.

Syahputra, R., Utami, D., Widyaningsih, W., Dahlan, A., Soepomo, J., Janturan, S., Farmakologi dan FarmasiKlinik, D., & Ahmad Dahlan, U. (2022). Studi Docking Molekuler Aktivitas Penghambatan Enzim Tirosinase Ubi Jalar (Ipomoea batatas L. Lam) In Pharmacon: Jurnal Farmasi Indonesia (Vol. 19, Issue 1). http://pubchem.ncbi.n

Vilchèze, C., & Jacobs, W. R. (2012). The combination of sulfamethoxazole, trimethoprim, and isoniazid or rifampin is bactericidal and prevents the emergence of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 56(10), 5142–5148. https://doi.org/10.1128/AAC.00832-12

World Health Organization. (2020). Global tuberculosis report 2020. World Health Organization.

Wróbel, A., Arciszewska, K., Maliszewski, D., & Drozdowska, D. (2020). Trimethoprim and other nonclassical antifolates an excellent template for searching modifications of Dihydrofolate reductase enzyme inhibitors. In Journal of Antibiotics (Vol. 73, Issue 1, pp. 5–27). Springer Nature. https://doi.org/10.1038/s41429-019-0240-6




DOI: https://doi.org/10.53675/jsfar.v12i1.1317

Article Metrics

Abstract view : 113 times
PDF - 147 times

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2024 Jurnal Sabdariffarma: Jurnal Ilmiah Farmasi

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Publisher Address | Alamat Redaksi 
Prodi Farmasi - Universitas Al Ghifari
Jl. Cisaranten Kulon No.140, Cisaranten Endah, Kec. Arcamanik, Kota Bandung, Jawa Barat 40292
Email: sabdariffarma@journal2.unfari.ac.id

Google_Scholar   

Tools: